十三行博物館以考古專業進行實質外交，與日本西都原考古博物館於2013年簽訂《學術文化交流協定書》，締結成為姊妹館，期間合作交流辦理過多次國際交流展，今年已屆滿10年。
新北市立十三行博物館館長羅珮瑄於12月3日至6日期間遠赴日本宮崎縣，與西都原考古博物館館長岩切喜郎續簽交流協議，並與岩切館長洽談未來5年的交流計畫，經過參訪宮崎縣內多處考古文物展示館舍後，雙方預計2025年於十三行博物館辦理以臺日千年前生活為核心的展覽，透過「埴輪（陪葬陶器）」等古墳出土文物，探討古人的生命哲學，窺見離世之後的另一個世界。兩館合作的疫情後第一檔臺日交流特展「農耕之路-九州與臺灣植物栽培的開端」，目前也正在西都原考古博物館展出中。
兩館曾攜手於2016年在十三行博物館辦理「神話之鄉：日本宮崎縣立西都原考古博物館收藏文物特展」，2017年十三行遺址出土文物也首度漂洋過海，於西都原博物館「台灣鐵器文化精髓：十三行遺址和十三行人」亮相，在當地造成轟動。2018雙方更進一步在八里進行「史前煉鐵爐復原實驗」，透過「古法」成功煉鐵，獲得豐碩的成果。
十三行博物館館長羅珮瑄表示，位於九州東南的宮崎縣有「日本神話之鄉」美譽，最具特色的史前文化莫過於為數眾多的古墳，這些與十三行文化同時期所建造的古墳，其中不乏與日本天皇祖先有關。期待透過接下來的交流展，讓臺灣觀眾感受南九州地區的神話以及豐富的古墳文物!